우리나라 최초로 학교나 개인이 아닌, 지방 자치 단체에서 직접 계획하고 만든 자연사박물관입니다. 자연사박물관은 지역 환경의 지질학적, 생물학적 사실에 대한 증거와 기록을 보존·연구하며 대중에게 전시하는 장소입니다. 또한 인간은 자연의 일부라는 사실을 알려주고, 자연환경과 함께 어떻게 살아가야 할지를 알려주는 곳입니다. 우리나라는 선진국과 달리 공공기관이 설립·운영하는 자연사박물관이 없는 상태였습니다. 이런 현실에서 서대문자연사박물관은 국내 최초로 공공기관이 설립한 시설로 인정받고 있습니다.